Ada perbedaan dalam metode pencatatan persediaan antara menurut komersial dengan fiscal. Kalau metode komersial, metode pencatatan antara lain, FIFO, rata-rata, LIFO, dll. Sedangkan metode pencatatan persediaan menurut fiskal yang boleh digunakan hanya metode FIFO dan rata-rata.
Dalam PSAK No. 14 (2007) bahwa persediaan dalam neraca dinyatakan sebesar harga pokok atau perolehan (at cost) atau dinyatakan berdasarkan harga terendah antara harga pokok dan harga pasar atau berdasarkan harga jual. Menurut UU pajak penghasilan, pasal 10 ayat (6) menyatakan bahwa persediaan harus dinilai bersadarkan harga perolehan. Oleh karena itu jika Wajib pajak melakukan penilaian persediaan menggunakan selain harga perolehan, maka perlu dilakukan penyesuaian (adjustment).
Apabila antara pihak pembeli dan penjual ada hubungan istimewa maka harga perolehan harus disesuaikan dengan harga wajar atau harga pasar yang berlaku.
Kadang antara penjual dan pembeli membuat perjanjian pembelian dengan harga tetap, walaupun kenyataannya harganya bisa berubah sewaktu-waktu. Sebagai contoh, pada bulan desember 2008 PT. A telah melakukan pembelian barang dengan perjanjian harga tetap sebesar Rp 40.000000;- barang tersebut diterima bulan april 2009. Pada bulan desember 2009, harga turun menjadi Rp 20.000.000;-. Berdasarkan akuntansi komersial, penurunan harga ini bisa diakui sebagai kerugian dengan menjurnal kerugian perubahan harga pada persediaan (Rp 20.000.000). Praktik akuntansi pajak tidak mengakui kerugian sebesar Rp 20.000.000;- karena pajak melihat fakta riil dan tidak menerima antisipasi kerugian. Pajak akan mengakui sebagai kerugian apabila barang yang dijual tersebut yang memang benar-benar mengalami kerugian.
Dalam perusahaan industry alokasi biaya dapat digunakan metode harga pokok penuh (full costing) atau menggunakan variabel costing. Penggunaan metode harga pokok penuh dapat digunakan biaya standar setiap terjadi penyimpangan akan teralokasi ke harga pokok penjualan. Namun menurut fiskal biaya produksi tidak langsung tidak diperkenankan sebagai beban periode. Artinya biaya produksi yang diakui menurut fiskal adalah biaya yang nyata-nyata terjadi pada periode akuntansi tersebut. Biaya yang ditetapkan sebesar ini atau sejumlah itu tidak diperkenankan diakui sebagai biaya produksi.